Le 24 novembre 2021, l’Afrique du Sud signalait à l’OMS la présence d’un nouveau variant du coronavirus sur son territoire. Beaucoup de pays suspendaient rapidement leurs liaisons aériennes avec ce pays mais rien n’a empêché sa diffusion en Europe où il a d’abord été confirmé aux Pays-Bas, en Ecosse puis bien sûr chez nous où il a très vite supplanté le variant indien Delta apparu en Inde en octobre 2020, arrivé dans l’Hexagone en avril 2021, et qui succédait lui-même à l’Alpha.
Il présente plus d’une trentaine de mutations sur sa protéine de pointe, soit beaucoup plus que les variants précédents. Une étude réalisée par le CDC, le centre de contrôle américain, nous confirme qu’il est beaucoup plus contagieux qu’eux. Sa période d’incubation est plus courte, 2 à 3 jours après l’infection, elle était de 6 à 7 jours avec le virus originel de Wuhan, de 4-5 jours avec le Delta.
Il frappe plus vite que les autres, peut-être aussi parce qu’il s’attaque à une population largement vaccinée dont le système immunitaire est ainsi plus réactif. Le Pr Raoult explique d’ailleurs que la vaccination pourrait être responsable du nombre vertigineux de cas (plus de 300 00 par jour en moyenne depuis des semaines), fort heureusement de légers à modérés. Les Japonais et les Taiwanais ont assuré que les personnes infectées étaient le plus contagieuses du 3ème au 6ème jour et que la charge virale diminuait significativement vers le 10ème jour. Certains patients restent contagieux 9 jours après l’apparition des symptômes. Ceci implique pour les cas-contacts de faire un test plus tardif, vers le 6ème jour, le prélèvement précoce pouvant être négatif.
Moins spectaculaires que ceux du delta, ils ressemblent à un rhume ou à une grippe. Les personnes touchées sont plus jeunes : 32 ans de moyenne d’âge, ont peu de facteurs de risques. On note chez elles, le nez qui coule, un mal de tête, la gorge qui gratte, des éternuements, de la fièvre, des douleurs musculaires, une toux sèche mais pas d’essoufflement ou de tachypnée (la maladie attaque beaucoup moins les poumons), des sueurs nocturnes ou une forte transpiration, des troubles digestifs (douleurs abdominales, nausées, vomissements, diarrhée), une grande fatigue volontiers persistante++ (que nous appelons asthénie), pas de perte de goût et d’odorat, des éruptions cutanées (boutons ou plaques rouges) chez 15% des enfants.
Semble-t-il Omicron est plus contagieux mais moins grave, plus gentil, puisque touchant plus les bronches que les poumons, il entraîne moins de passages en réa et donc moins de décès. Nous avons fort heureusement tous pu constater le fort décalage, la décorrélation, entre le nombre impressionnant des cas et la décrue qui se poursuit en réa. La Drees nous signalait la semaine dernière que le risque d’hospitalisation pour un patient de 80 ans, non vacciné, était tout de même de 21% avec Omicron pour 28% avec Delta. C’est moins mais ça n’est pas totalement négligeable. Certains pensent qu’on pourrait sous-estimer sa sévérité chez les personnes fragiles (âgées, porteuses de comorbidités, immunodéprimées), d’autant que la protection conférée par le vaccin est inférieure sur lui et pas aussi longue qu’on l’aurait espérée, nous le savons tous.
Vous faites allusion au sous-variant BA-2 qui pourrait effectivement toucher des personnes qui auraient contracté le BA-1. C’est possible, ça reste pour le moment anecdotique.
Profitons déjà à court terme de l’éclaircie qui s’amorce depuis qqs jours. Puis écoutons et faisons confiance au Pr Didier Pittet, épidémiologiste suisse de renom, l’inventeur du GHA, qui pense que notre Sarscov devrait dans l’avenir devenir simplement endémique, comme ses petits frères, les coronavirus que nous retrouvons tous les hivers.
Docteur Serge Rafal
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